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PNA´Â Parallel orientation°ú Anti-parallel orientationÁß ¾î´À ¹æÇâÀ¸·ÎµçÁö Duplex¸¦ Çü¼ºÇÒ ¼ö ÀÖÁö¸¸, ÁÖ·Î Anti-parallel orientationÀ¸·Î Çü¼ºµÇ±â ¶§¹®¿¡, ¸ðµç Antisense¿Í DNA probe typeÀÇ Àû¿ëÀ» °¡´ÉÇÏ°Ô ÇÕ´Ï´Ù.
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PNA/DNA-duplex´Â µ¿ÀÏÇÑ ¼¿ÀÇDNA/DNA-duplexº¸´Ù ³ôÀº Tm °ªÀ» °®½À´Ï´Ù. ¼¿¿¡ µû¶ó Â÷ÀÌ°¡ ÀÖÁö¸¸, ÀϹÝÀûÀ¸·Î100 mM NaCl ¿ë¾×¿¡¼ ¿°±â ´ç ¾à 1 °C ÀÇ Tm °ªÀÌ Áõ°¡ÇÕ´Ï´Ù.(¿¹½Ã)
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Sequence
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Tm value (°C)
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DNA/DNA
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DNA/PNA
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TAA CGG TAT TTG GAG(15-mer)
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56
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71
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PNAÀÇ ³ôÀº ģȷ ¶§¹®¿¡ PNA¸¦ ±æ°Ô µðÀÚÀÎÇÒ ÇÊ¿ä°¡ ¾ø±â ¶§¹®¿¡ 15-mer ~ 18-mer ÀÇ PNA oligomers°¡ »ç¿ëµË´Ï´Ù.
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PNA/PNA interactionÀº PNA/DNA interactionº¸´Ù ÈξÀ °Çϱ⠶§¹®¿¡ Inverse repeats,Hairpin Çü¼º ¼¿,Palindromic sequence¿Í °°Àº self-complementary sequence´Â ÇÇÇÏ´Â °ÍÀÌ ¹Ù¶÷Á÷ÇÕ´Ï´Ù.
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¿¹½Ã) GAT CCGG TAC ¶Ç´Â GCG GCT CGC ( X ) ¡¦ C, G·Î¸¸ ÀÌ·ç¾îÁø complement sequence
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CTA TTA ATG CA ¶Ç´Â ACTG T CAGT ( X ) ¡¦ 6 base ÀÌ»óÀÇ complement sequence
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Purine¿°±â°¡ ¸¹Àº PNA´Â ½º½º·Î ÀÀÁýÇÏ´Â °æÇâÀ» º¸À̸ç ÀÌ·Î ÀÎÇØ ¼ö¿ë¼º ¿ë¾×¿¡¼ÀÇ ¿ëÇصµ°¡ °¨¼ÒµÉ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. ÀϹÝÀûÀ¸·Î purine contents´Â 80%±îÁö·Î Á¦ÇѵǸç 60%¸¦ ³ÑÁö ¾Êµµ·Ï µðÀÚÀÎÇÏ±æ ±ÇÀåÇÕ´Ï´Ù. Purine ¿°±â°¡ 5°³ ÀÌ»ó ¿¬¼ÓµÇÁö ¾Êµµ·Ï µðÀÚÀÎÇÏ´Â °ÍÀÌ ÀϹÝÀûÀÌÁö¸¸ Àüü ¿°±â¼¿¿¡ µû¶ó 5°³ ÀÌ»óÀÇ ¿¬¼ÓµÈ purine ¼¿µµ °¡´ÉÇÕ´Ï´Ù.
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ÀϹÝÀûÀ¸·Î ¾Æ·¡ÀÇ °æ¿ì, ÇÕ¼ºÀÌ Á¦ÇÑµÉ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.
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ATT AGG GGC ATC TAC ¡¦ G°¡ 4°³ ÀÌ»ó ¿¬¼ÓµÇ´Â °æ¿ì
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CTA GAT AGA AGG TTC ¡¦ purine base°¡ 6°³ ÀÌ»ó ¿¬¼ÓµÇ´Â °æ¿ì
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µðÀÚÀÎ ÇϽŠPNA¿¡¼ purineÀÌ 5°³ ÀÌ»ó ¿¬¼ÓµÉ °æ¿ì¿¡´Â ÀúÈñ¿¡°Ô ¹®ÀÇÇØÁÖ¼¼¿ä.
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PNAÀÇ ¿ëÇصµ¸¦ Áõ°¡½ÃÅ°±â À§ÇØ O linker (eg linker), E linker, X linker, LysineµîÀÇ solubility enhancer¸¦ PNA ¿°±â¼¿¿¡ Ãß°¡ÇÒ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.
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PNAÀÇ N-¸»´Ü¿¡ labeling ÇÒ °æ¿ì, Hybridization½Ã Ç¥ÁöºÐÀÚÀÇ ¿µÇâÀ» ÇÇÇϱâ À§ÇØ O linker¿Í °°Àº spacer¸¦ PNA¿Í Çü±¤Ç¥Áö »çÀÌ¿¡ ³Ö´Â °ÍÀÌ ÁÁ½À´Ï´Ù.
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¿¹½Ã) Cy3-TAA CGG TAT TTG GAG << Cy3-OO-TAA CGG TAT TTG GAG
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PNAÀÇ C-¸»´Ü¿¡ labelingÇØ¾ß ÇÒ °æ¿ì, C-¸»´Ü¿¡ Lysine ¶Ç´Â CysteineÀ» »ðÀÔÇÑ ÈÄ labeling ÇؾßÇÕ´Ï´Ù.
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¿¹½Ã) TAA CGG TAT TTG GAG-Cy3 ( X )
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TAA CGG TAT TTG GAG-Lys(Cy3) ( O )
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