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PNA probe가 긴 Pyrimidine stretch를 포함하지 않는다면 정상적으로 Double helix를 형성합니다. 그러나 Homopyrimidine (5개 혹은 더 많은 Pyrimidines) 또는 7개 혹은 더 많은 Pyrimidine nucleobase를 연속적으로 포함하는 PNA probe는 Hybridization시 Triple helix를 형성할 수도 있습니다.
PNA probe는 Parallel orientation, anti-parallel orientation으로 모두 Hybridization할 수 있습니다. 이는 DNA oligomer가 오직 Anti-parallel orientation으로만 Hybridization되는 것과 다른 점입니다.
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