표준 펩타이드 정제조건이 PNA를 정제하는데 사용됩니다. Reversed phase C-18 column (100-180 Å pore size, 5~10μm particle size)이 사용됩니다. 일반적으로 사용되는 용매는 물과 유기상 Eluent로 Acetonitrile을 사용하며, 이때 분당 0.5-1.0 %의 Gradient를 줍니다. 가장 최적의 분석을 위해서 0.1% TFA를 수상 및 유기상 모두에 첨가합니다.