PNA 올리고머는 합성 직후 10-20% Acetonitrile과 0.1% TFA(trifluoroacetate)가 함유된 정제수를 이용해서 Reverse phase HPLC로 정제한 후 동결 건조합니다.
정제된 PNA는 모든 Basic amino group (A, C, amino terminus)이 Protonation되기 때문에 물에 용해될 때 trifluoroacetate counter-ion을 물에 전달합니다. 이러한 특성 때문에 매우 고농도의 PNA stock solution을 만들 수 있습니다.
정제된 PNA (~100nmol)는 100-500 μl 물에 녹인 후 일정량씩 분주해 놓고 사용 전에 적절한 버퍼로 희석해서 사용하는 게 바람직합니다. 만약 당일 사용하지 않는다면 Speed-vacuum concentrator나 동결건조기를 이용하여 건조시켜 보관하시기 바랍니다.
다른 방법은 PNA를 적절한 버퍼에 녹여서 분주한 후 사용 전까지 냉동상태로 보관할 수 있습니다. 이 방법은 특정 PNA올리고머, 특히 Purine이 거의 없는 짧은 PNA에 효과적으로 적용할 수 있습니다.
특정 올리고머는 용해되지 않는 경우가 있습니다. 이 때는 수용액에 0.1% TFA 나 10-20% Acetonitrile을 첨가하여 50°C에서 약 10분간 처리하면 용해에 도움이 될 것입니다. PNA 올리고머는 유리 표면과 폴리스틸렌에 높은 친화력을 가지기 때문에 PNA의 취급과 저장 동안은 폴리프로필렌이나 폴리에틸렌을 사용하는 것을 추천합니다.
