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1. 결합 특성: PNA는 Parallel orientation과 Anti-parallel orientation중 어느 방향으로든지 Duplex를 형성할 수 있지만, 주로 Anti-parallel orientation으로 형성되기 때문에, 모든 Antisense와 DNA probe type의 적용을 가능하게 합니다. PNA 올리고머의 N-말단은 올리고뉴클레오타이드의 5’-말단과 상응하므로 종종 “PNA의 5’-말단”이라 칭합니다. PNA/DNA-duplex는 DNA/DNA-duplex보다 더 높은 Tm 값을 가집니다. 일반적으로, 100 mM NaCl 용액에서 염기당 약 1°C의 Tm 값이 증가합니다.
2. Probe 길이: PNA의 높은 친화력 때문에 긴 PNA 올리고머를 준비할 필요가 없습니다. 일반적으로 사용하는 DNA 프로브의 길이가 25-40개의 염기서열로 이루어진 것과는 달리, PNA 프로브는 12-18개의 올리고머 길이가 적당합니다. 프로브가 짧을수록 더 높은 특이성을 나타내고, 염기서열이 짧을수록 Mismatch에 의한 Tm 값에 대한 영향은 더 높습니다. 많은 경우 프로브의 길이가 짧아질수록 더 정확하게 됩니다. PNA 올리고머의 길이가 길어질 경우, 상호 응집하는 현상이 발생하여 정제 및 분석이 어려울 수도 있습니다.
3. Purine 함량: Purine-rich PNA 올리고머는 상호 응집하는 경향이 높습니다. 염기 중G-rich 올리고머가 그 정도가 가장 심합니다. 만약 프로브를 10 unit으로 디자인한다면 Purine염기는 7개를 넘지 말아야 합니다. 이를 주의하여 PNA프로브를 디자인하면, PNA 올리고머가 응집할 가능성은 극적으로 줄어들 것입니다.
4. Self- complementarity: PNA/PNA interaction은 PNA/DNA interaction보다 훨씬 강하기 때문에 Inverse repeats, Hairpin 형성 서열, Palindromic sequence와 같은 self-complementary sequence는 피하게 바람직합니다. 즉, AATT는 괜찮으나 CCGG 혹은 ATTATT는 부적합합니다. 이들은 합성과정에는 문제가 없으나 일반적으로 정제하고 분석하는 과정에서 어려움이 있을 수 있습니다.
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